พันเอก วัชรพงษ์  นพพันธ์
ผู้อำนวยการกองวิชาการและระบบงาน

กองวิชาการและระบบงาน มีหน้าที่เสนอนโยบาย วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และเสนอข้อคิดเห็น เกี่ยวกับการตรวจสอบภายใน ดำเนินการตรวจสอบวิเคราะห์และประเมินค่าผลการตรวจสอบ พิจารณา เสนอแนะการแก้ไขพัฒนามาตรฐานและเทคนิคการตรวจสอบภายใน วิเคราะห์รายงาน การเงิน ศึกษาพิจารณาและเสนอแนะหนทางปฏิบัติในการแก้ไขปัญหาการบริหารงาน ที่เป็นผลสืบเนื่องมาจากการตรวจสอบภายใน ฝึกอบรมและส่งเสริมความรู้ ด้านการตรวจสอบภายใน รวมทั้งระบบสารสนเทศเพื่อการบริหารงานและการตรวจสอบภายในของสำนักงานตรวจสอบภายในทหาร บันทึกและรายงานสถิติผลงาน มีผู้อำนวยการกองวิชาการและระบบงาน เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ แบ่งออกเป็น ๔ แผนก ดังนี้

แผนกแผนงาน มีหน้าที่ วางแผน อำนวยการ ประสานงาน กำกับดูแล และเสนอข้อคิดเห็นเกี่ยวกับการตรวจสอบภายใน วิเคราะห์แผนงานที่ เกี่ยวกับการบริหารทรัพยากรของหน่วย เพื่อใช้ประโยชน์ในการกำหนดแผน และขอบเขตของการตรวจสอบภายใน ควบคุม และกำกับการตรวจสอบภายใน ให้เป็นไปตามแผน และขอบเขตของการตรวจสอบภายในที่กำหนดไว้ จัดทำแผน การฝึก ศึกษา อบรม ดูงาน กิจการตรวจสอบภายใน ทั้งในและต่างประเทศ ตลอดจนควบคุมและบริหารกำลังพลในสายงานตรวจสอบภายในของกองบัญชาการทหารสูงสุด

แผนกตรวจสอบ มีหน้าที่ดำเนินการตรวจสอบ วิเคราะห์และประเมินค่าผลการตรวจสอบภายใน วิเคราะห์รายงานการเงิน ควบคุมและเก็บรักษารายงานผลการตรวจสอบภายใน จัดทำสรุปผลการตรวจสอบภายในประจำปี พิจารณาและเสนอแนะการแก้ไข ปรับปรุง และพัฒนามาตรฐานและเทคนิคการตรวจสอบภายใน ตลอดจนให้ข้อเสนอแนะ หนทาง ปฏิบัติในการแก้ปัญหาการบริหารทรัพยากรของหน่วย ในลักษณะการควบคุมภายในที่ดี

แผนกวิชาการ หน้าที่ดำเนินการรวบรวม ศึกษา ค้นคว้า จัดระเบียบแบบธรรมเนียมและระเบียบ แบบแผนของทางราชการที่เกี่ยวกับการบริหารทรัพยากร การตรวจสอบภายใน ชี้แจง ข้อหารือในเรื่องมาตรฐานและเทคนิคการตรวจสอบบัญชี และปัญหาในเรื่องการตรวจสอบ ภายใน จัดทำคู่มือการตรวจสอบภายใน และดำเนินการฝึกอบรมด้านการตรวจสอบภายใน

แผนกเทคโนโลยีดิจิทัล มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับการวิเคราะห์ระบบ การออกแบบระบบ การเขียนโปรแกรม การใช้และรักษาโปรแกรม การใช้เครื่องจักรคำนวณและระบบกรรมวิธีข้อมูล รวมทั้งดำเนินกรรมวิธีข้อมูล เก็บรักษา พัฒนา และบริการข้อมูล เพื่อการบริหารงานและการตรวจสอบภายใน